1991年，在时任福州市委书记习近平同志的部署推动下，福州高新区成功获批全国首批国家级高新区。福州高新区实行“一区多园”的管理模式，下辖海西高新技术产业园、生物医药和机电产业园以及洪山、仓山、马尾和福州软件园等6个园区，并于2013年7月开始托管闽侯县南屿镇和上街镇5个村，整合后的福州高新区总面积约193.07平方公里（其中规划建设面积约66平方公里）。2016年6月，经国务院批复同意建设国家自主创新示范区。

实力稳步提升。相继获评国家(福州)显示器件产业园、国家火炬计划软件产业基地、国家半导体国际创新产业基地、国家级文化和科技融合示范基地、国家863软件专业孵化器福州基地、国家软件与集成电路人才国际培训基地、国家级专家服务基地等荣誉。创新效应凸显。全力构建“126”特色创新创业体系，已引入中科院海西研究院、中科数据应用技术研究院、国家知识产权专利审查协作分中心等一批区域创新平台。产业集群发展。充分发挥对台合作区位优势，以华映科技、星网锐捷、新大陆等龙头企业为引领，全力推动高新技术产业发展，初步形成以新一代信息技术产业为特色主导、以装备制造、生物技术、新材料产业为培育重点、以现代服务业为支撑的“131”产业发展格局。